采用手术方法治疗布加氏综合征的目标是解除肝脏及下腔静脉高压，手术时间应选择在疾病的早期，肝细胞尚未发生不可逆改变之前给与实施。手术治疗布加氏综合征还应高度警惕布加氏综合征手术后并发症的发生。术后并发症包括：

心功能不全——是布加氏综合征术后常见并发症。主要是由于术前血液淤带在身体的下半部，回心血量明显减少，心脏缩小，心输出量减少，甚至轻微活动即可引起心慌、气短等心功能不良症状。肝静脉和/或下腔静脉梗阻解除后，回心血量突然增加，加重了原本功能不良的心脏负担，发生心力衰竭。为防止心力衰竭，在下腔静脉梗阻解除后，立即给予强心、利尿处理，将有助于减少心力衰竭的发生。

腹水或乳糜腹——手术前因下腔静脉回流受阻，有肝静脉血无出路的情况下，血浆则流入肝淋巴间隙，导致超负荷的肝淋巴液通过肝纤维囊漏出进入腹腔，成为顽固的、难以消退的腹水，少数病人因高压扩张的淋巴管破裂而形成乳糜腹。术中更易损伤扩张的淋巴管而致乳糜腹。若无乳糜池损伤，原有的腹水或乳糜腹术后可逐渐自行消退。若有乳糜池损伤，可通过静脉营养，经非手术治疗后可逐渐闭合。

血胸——血胸的发生与开胸手术有直接关系，多为术中止血不彻底、吻合口瘘、胸腔闭式引流置放不当或术后抗凝治疗所致。少量血胸可严密观察，若出血量较大，应及时开胸止血，行胸腔闭式引流。若因抗凝治疗所致，应注意各有关的监测指标，及时调整抗凝药物及剂量。

肝性脑病——为门静脉-右心房或肠系膜上静脉-右心房转流术后，未经肝脏处理的门静脉血直接入心后所致，肝性脑病的发生率与吻合口的大小有直接关系，布加氏综合征症例的肝功能常较肝硬变病例为好，致肠-房转流后发生肝性脑病的比例并不高(<15%)，且患者在注意饮食后，多可防止发作。

其他——其他并发症包括纵隔积水、肺脓肿、乳糜胸等，临床均较少见，发生后经对症处理后，多能治愈。