马清源在2005年入学后不久，被确诊患有恶性骨肿瘤，由于无治愈方法，采用了截肢或是离断的方法。在与病魔抗争的三年半时间里，他先后经历了十次手术。2009年秋天因为置换人工关节排异、溃破发炎需要每天换药的时候，他也没有一次无故旷课、迟到、早退。最后他以国内古代史专业总分第一的成绩被录取为2010年硕士研究生。

马清源在大一时就向党组织递交了入党申请书，在与病魔抗争中坚持完成了党校初级班与党性教育读书班的学习，并于2010年5月光荣加入国内共产党。虽然家境并不富裕，但是他和父亲婉言谢绝了很多社会捐助。学校为马清源提供了经济资助和单人宿舍，为马清源的父母提供了临时工作岗位。