尿道上裂是在胚胎早期发生，是由生殖结节原基向泄殖腔膜迁移的过程出现异常所致，具体原因尚不明确，常合并膀胱外翻，单发的尿道上裂是此类畸形中较轻的一类。

尿道上裂的发病机制：

1、尿道位置反常，位于阴茎背侧阴茎海绵体上面。

2、尿道前壁有不同程度缺损，缺损部尿道呈沟状，其上覆盖以尿道黏膜。

3、阴茎短小，向背侧屈曲，阴茎头扁而宽，呈铲状，包皮背侧缺乏而腹侧多。

在胚胎第8周，前腹壁下部形成阴茎的生殖结节始基向后移位过多，尿生殖窦末端连接的尿生殖沟的位置靠前，使以后形成的尿道位于阴茎背侧，如尿生殖沟不在中线汇合，就形成尿道上裂，根据尿道在阴茎背侧的开口位置，男性尿道上裂可分为阴茎头型尿道上裂、阴茎型尿道上裂、阴茎耻骨型尿道上裂三种类型。