在长期研究中，人们已认识到心理社会因素与FGIDs密切相关。生活应激事件常常诱发或加重FGIDs，神经质、情绪化等人格特征明显影响患者就诊率和症状程度，躯体化症状更多见于FGIDs患者。FGIDs患者常具有胃肠道外症状，如呼吸困难、心慌、慢性头痛、肌痛等。精神方面的疾患也常见于FGIDs患者，尤其是症状严重或顽固的患者，其发生率为42%~61%。

FGIDs中最常见的两个疾病为：功能性消化不良(FD)和肠易激综合征(IBS)。FD 患者常见的精神异常为焦虑、抑郁和躯体化疾患，约80% FD 患者有精神方面异常，而器质性消化不良患者仅为25%。

40%~50%的IBS患者亦有心理障碍的表现，80%的IBS患者病情发作和加重与精神心理因素以及对疾病的不正确认识有关，如认为大便必须成型，否则即为异常，IBS患者精神异常多表现为抑郁，其次为焦虑和躯体化疾患。